Actualités : Protrans N5

Une technique NGS « short range » destinée au typage HLA des DVMO.

Vous trouverez ci-dessous des détails sur cette technique robuste et productive ...

Les registres de donneurs volontaires de moelle osseuse à travers le monde offrent dorénavant plusieurs dizaines de millions de possibilités pour trouver le donneur adéquat pour un patient nécessitant en dernier recours une greffe de celles souches.

Malgré cette taille impressionnante du « registre mondial » encore trop souvent les médecins ne trouvent pas le « match » idéal et doivent ainsi se résigner à utiliser des alternatives comme par exemple le protocole de la greffe haploidentique.

La raison pour cette efficacité relative du pool de donneurs à l’échelle mondiale a différentes explications. Une est l’obsolescence croissante qui est liée à la fois au vieillissement des donneurs répertoriés et aux typages insuffisants compte tenu des progrès faits ces dernières années dans ce domaine. La France avait réagi tôt pour fournir des typages de haute résolution ; depuis l’adoption de la technique SGN (séquençage de nouvelle génération ou NGS) de nombreux registres font aujourd’hui de même.

 En France, la volonté est aujourd’hui de ne plus seulement focaliser sur la qualité des donneurs qualifiés mais d’augmenter également sensiblement la taille du registre. Pour y parvenir l’Agence de Biomédecine a adopté le recrutement par écouvillonnage, ayant fait ses preuves dans les compagnes d’autres registres qui visaient de fortement augmenter la taille de ces derniers. La difficulté intrinsèque de cette approche consiste en la faible quantité d’ADN souvent retrouvé sur les écouvillons et la difficulté qui en résulte pour typer les donneurs correspondants (échecs totaux ou échecs partiels sur certains loci).

La société Protrans GmbH commercialise une technique NGS short range, la technique Protrans N5, qui permet de dépasser ces problèmes et de générer des typages complets pour presque 100% des échantillons fournis à l’aide de l’écouvillonnage.

 PROTRANS N5

        High-Resolution, HLA Typing by NGS

La stratégie de séquençage de nouvelle génération Protrans N5 ne nécessitant qu’une seule et unique étape de PCR et fournit un typage HLA haute résolution sans ambiguïté pour les classes I et II. Et grâce à l’approche retenue, l’amplification « short range », il est possible de se passer de la laborieuse étape de fragmentation. Enfin, une seule purification suffit avant de séquencer jusqu’à plusieurs centaines d’échantillons sur une flow cell de marque Illumina.  

T é m o i g n a g e    d’ u n    l a b o r a t o i r e

« Ce qui nous posait problème c’était la nécessité de panacher nos échantillons clinques avec les DVMO du fait du coût élevé des flow-cells », explique le biologiste, par ailleurs très expérimenté dans les techniques NGS. Autre contrainte liée à ce passage commun est le fait que l’ABM demande en France de ne typer que les loci A, B, C, DRB1 et DQB1 tandis que les laboratoires s’étaient tournés vers le SGN pour leurs patients afin de générer un maximum d’informations. « Certains fabricants vendent une trousse 5 loci. Mais du coup on est forcé d’utiliser la version 11 loci ce que se répercute sur le coût par test. ». Et le biologiste poursuit. « Quand nous avions pu tester la solution Protrans dans notre laboratoire j’étais surpris par la flexibilité offerte par la technique N5. Le choix du nombre loci typés par simple paramétrage du logiciel, la possibilité d’intervenir sur les résultats calculés et ainsi pouvoir réellement valider les typages etc., etc.. Mais selon ce biologiste ce qui a le plus pesé pour décider son équipe de passer à la technique Protrans était la possibilité de typer à partir de très faibles quantités d’ADN. « Depuis que nous utilisons la technique N5 en routine nous typons 48 DVMO avec une flow-cell. Et en moyenne il nous manque le typage pour un donneur. C’est acceptable étant donné que la quantité d’ADN isolée des écouvillons de ce type de prélèvements est quasi nulle ».

P R O T R A N S   H L A   N G S

Protrans N5 single PCR Next Generation Sequencing strategy provides unambiguous high-resolution HLA typing of Class I and Class II. Unique multiplex primer mixes amplify all key regions of the HLA loci without any need of fragmentation.